ピンで突いて空けたような小さな穴は「ピンホール」と呼ばれています。
原因として鶏の足指のツメで開いたか、卵殻表面の突起物のもの(ピンプル)が取れたことが考えられますが、食べることは問題ありません。
本当に小さい穴です。もしかしたら、見たことがある人もいるかもしれません!